Η ιστορία της Αντιπάρου συνδέεται στενά με εκείνη της Πάρου. Κατά την αρχαιότητα το νησί είναι γνωστό ως Ωλίαρος (δασώδης τόπος). Με αυτή την ονομασία την αναφέρουν ο γεωγράφος Ηρακλείδης ο Κρητικός (3ος αι. π.Χ.), ο γεωγράφος και ιστορικός Στράβων (67 π.Χ. 23 μ.Χ.) και ο Λατίνος συγγραφέας Πλίνιος (23-79 μ.Χ.).

Η πρώτη αναφορά της Αντιπάρου με το σημερινό της όνομα γίνεται μόλις το 13ο αιώνα. Η λέξη όμως είναι αρχαία. Σύμφωνα με τη μυθολογία, ο Αντίπαρος ήταν ένας από τους 50 γιους του Αίγυπτου. Δολοφονήθηκε, μαζί με τα 48 αδέλφια του, από τη σύζυγο του πατέρα του Κριτομηθέα, μία από τις 50 Δαναίδες. Τα πρώτα ίχνη κατοίκησης στην Αντίπαρο χρονολογούνται στους Νεολιθικούς χρόνους, ενώ σημαντική ανάπτυξη παρουσίασε το νησί κατά την Πρωτοκυκλαδική περίοδο. Τάφους που ανάγονται στην περίοδο 3000-2500 π.Χ. ανακάλυψαν πρώτοι οι αρχαιολόγοι Μπεντ και Σουάν το 1893 (Απάντημα, Σωρός, Πεταλίδες). Οι ανασκαφές συνεχίστηκαν από τον Χρήστο Τσούντα, ο οποίος ανακάλυψε στις ίδιες θέσεις νεκροταφεία, αγγεία και μαρμάρινα ειδώλια.

Από τους Βυζαντινούς χρόνους και μέχρι το 13ο αιώνα οι πληροφορίες για το νησί σπανίζουν. Το μόνο που γνωρίζουμε ότι ανήκε στο Θέμα του Αιγαίου και ότι μαστιζόταν από τις πειρατικές επιδρομές.

Το 2007 ο Μάκρος Σανούδος κατέλαβε την Αντίπαρο, ενώ στο 2ο μισό του 14ου αιώνα το νησί πέρασε στην οικογένεια Σομμαρίπα με το γάμο της Μαρίας Σανούδου με τον Γάσπαρη Σομμαρίτα. Από τις αρχές του 15ου αιώνα η Αντίπαρος θα κατοικηθεί πιο πυκνά, ενώ το 1440 θα περιέλθει στην Ενετική οικογένεια Λορεντάνο (ως προίκα για το γάμο του Λεονάρντο Λορεντάνο με την Φραντσέσκα Σομμαρίπα). Ο Λορεντάνο μετέφερε εδώ καλλιεργητές και έχτισε το κάστρο της Αντιπάρου. Το 1480 η Αντίπαρος θα περάσει μαζί με την Ίο και την Ανάφη στην επίσης Ενετική οικογένεια Πιζάνι. Το 1537 θα την καταβάλλει ο Χαριεντίν Μπαρμπαρόσα και θα υπομείνει υπό Οθωμανική κυριαρχία έως το 1770, οπότε καταλαμβάνεται από τους αδερφούς Ορλόφ. Μετά τα Ορλοφικά και ως το 1821, θα βρεθεί και πάλι υπό Οθωμανική κυριαρχία και θα γίνει στόχος πολλών πειρατικών επιδρομών. Ενσωματώθηκε στο ελληνικό κράτος το 1830.